微波滅菌對于袋裝或瓶裝食品，微波憑借極強的穿透力，能穿透包裝和包裝內的食品、藥品進行干燥殺菌，而包裝材料如PET塑料、玻璃、紙張、陶瓷等，因其不吸收微波，所以不會發熱，這樣產品更衛生，避免二次污染。不過需要注意的是，由于金屬、鋁箔可以反射微波而不被穿透，所以包裝材料不能采用金屬材料或者含有金屬成分（如貼有鋁箔的塑料薄膜）。其次，用微波處理袋裝或瓶裝藥、食品時，因包裝內的食品、藥品會發熱，造成氣壓升高，如果完全密封且氣壓過大，氣壓可能會沖破包裝。解決的方法有： 

1、先用微波殺菌然后迅速密封或加蓋。
2、密封后放置要壓力容器內再用微波殺菌。
3、真空包裝后再用微波殺菌。

在袋裝食品的殺菌保鮮問題上，微波的穿透性、不破壞營養成分和低溫殺菌等點，呈現出明顯的優越。萊蕪雪野湖雪野魚食品廠廠選用2450兆赫微波，對袋包雪野魚，熏魚、叉燒、麻雀、肉松等熟食品的殺菌處理，細菌殺滅率在95%以上。

實踐表明微波殺菌可廣泛用于各種熟食品（魚、肉、豆制品、醬菜等）和飲料。近年來魚片干的市場需求不斷增長，部分產品還遠銷國外，但長期以來均因缺乏有效殺菌手段而出現產品霉變現象，采用2450兆赫10千瓦微波處理設備，不僅具有加熱干燥功能而且有殺菌滅酶效果，現已廣泛應用于魚片烘干和熟化烘烤，節能效果50%以上，魚片酥軟可口。

  如常規熱力處理的蔬菜保留的維生素C是46-50％，而微波處理是60-90％，常規加熱豬肝維生素A保持為58％，而微波加熱為84％。節約能源：常規熱力殺菌往往在環境及設備上存在熱損失，而微波是直接對食品進行作用處理，因而沒有額外的熱能損耗。相比而言，一般可節電30-50％。均勻徹底：常規熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導傳至內部。存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間，往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、徹底。便于控制:微波食品殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續可調、傳輸速度從零開始連續調整，便于控制。

設備簡單，工藝先進:與常規消毒殺菌相比，微波殺菌設備不需要鍋爐、復雜的管道系統、煤場和運輸車輛等，只要具備水、電基本條件即可。附：肉類呈味調味料的微波加工工藝：濃縮膏狀物——進料系統——進料能量抑制器——微波干燥加熱箱——出料能量抑制器——冷卻系統——出料打碎系統。