1,3-環己二酮是合成農藥和醫藥的中間體，廣泛應用于化工、醫藥、農藥、航天等領域。環己二酮類化合物具有殺蟲、除草、殺菌及生長調節等廣泛的生物活性，含有1,3-環己二酮結構的化合物多用于農藥活性的研究。
美國***胺公司和德國拜耳公司合成2-羥基-6-氧代-1-環己烯基-1-酰胺類化合物，研究了該類化合物的殺蟲活性，在1mg/L時對蚊子幼蟲的殺蟲活性為100%。該類化合物的結構構造主要是在環己烷和苯環上進行了各種取代基的變換。
1,3-環己二酮對螨類、粘蟲、甲蟲、家蠅具有防治效果，同時還具有除草活性。